Аз със с Xubuntu на VirtualBox, но досега не съм се сблъсквал с подобен проблем. И аз съм на NAT, но не се е получавало така. Бих ти препоръчал:

• ако ти лаги ОС-то, дай повече ресурси на виртуалката;
• ако си на 64-битовата версия, то със сигурност имаш вкючена хардуерна виртуализация, която от своя страна позволява да дадаш повече от един процесор на виртуалката. Виж колко процесора си дал и в никакъв случай не давай толкова процесори на VirtualBox-а, колкото реално имаш (ако имаш две ядра, лудост е и виртуалната ОС да си мисли, че ги има и двете );
• виж дали са се инсталирали праилните addition-и, понякога може и да е оттам.

Линукса си върви прилично, дал съм му 1,5 гб, което е  половината от наличната ми.За съжаление проца ми не поддържа споменатата виртуализация и си ползва само едното ядро.Сетнал съм всички препоръчителни настройки - виртуалния диск не се намира в системния дял, видеото е на макс памет.Адишъните ги инсталнах през терминала и всичко друго е наред.Преди това бях качил Xubuntu и при него го нямаше тоя проблем, но той ми беше по-бавен и затова реших да пробвам с Lubuntu.Освен това не се свали последната версия на Eclipse, която е 4.3, а ми дръпна 3.8?! :)

В хранилищата не са качени последните версии на програмките, така че това за Еклипса е напълно нормално.

Иначе за проблема - и аз имам 3 ГБ RAM, дал съм 1280 МБ на виртуалката. Не мисля, че толкова малка разлика с тебе би имала голямо значение, но съм убеден, че тази грешка може да се получи, ако хостващата ОС остане без достатъчно оперативна памет.

Така че, съветвам те, като си пускаш VirtualBox-а, да изключваш останалите програми на Уиндоуса.

А, и още нещо - пробва ли с по-лек браузър - като Conkeror и производните му?

Аз съм го правил за сега само с убунту дуал буута, в интерес на истината не ми хареса като дистрибуция. В повечето случаи дистрибуция и версия на дистрибуцията рядко ще повлияят на това дали ще е осъществи дуал буут или ще се счупи буута, по-скоро трябва да внимаваш при инсталацията да не забършеш някой дял, на който имаш уиндоус - много е вероятно няой инсталатор да не ти познава дяловете, така както ти ги мислиш - C/D/E и прочие, така че предварително си задели Unpartitioned space за линукса и запомни кой е - като мегабайти, за да го идентифицираш после при инсталация и да си работиш с него.

Какво ще ти трябва за джава курса е относително - в общия случай ще ти трябва Java 7 или 8, както и IDE - най-вероятно еклипс. Изчакай това в хода на действие - то ще се случи. Сигурен съм, че и на уиндоус не си инсталираш първо 120 програми и тогава да започваш да работиш на него, нали? :)

А за виртуал бокса - обикновено такива неща са временно решение. Да тестваш нещо - ок, да пуснеш виртуалката и да тестваш. За продължителна работа не си е оферта.

Докато наистина започне да ти трябва в университета този линукс, може да пробваш няколко дистрибуции, за да видиш в коя се ориентираш най-добре и ти е най-юзър френдли. Дериватите на убунту ги водят някак си по-лекички, даже наскоро колега погвали Kubuntu. Федора и редхат базираните също може да са добро решение. Преди много години чух, че хвалят SuSE - но наскоро не съм чувал нищо за него.