Имаше грешки в логиката на решението - например рестартиране на брояча, ако еднаквите числа не са последователни.

Преправен код:

using System;
using System.Linq;

class Program
{
    static void Main()
    {
        var numbers = Console.ReadLine()
            .Split(" ", StringSplitOptions.RemoveEmptyEntries)
            .Select(int.Parse)
            .ToArray();

        var mostOccurence = 0;
        var mostCommonNumber = 0;

        for (var i = 0; i < numbers.Length; i++)
        {
            var occurence = 1;
            var number = numbers[i];
            for (var j = i + 1; j < numbers.Length; j++)
            {
                if (number == numbers[j])
                {
                    occurence++;
                }
            }

            if (occurence > mostOccurence)
            {
                mostOccurence = occurence;
                mostCommonNumber = number;
            }
        }

        Console.WriteLine(mostCommonNumber);
    }
}