Това е, което намерих като проблеми:

• не проверявате за отрицателни индекси: навсякъде липсва index >= 0
• индекс, равен на броя елементи също е невалиден: index <= warShip.length трябва да е index < warShip.length
• грешен текст при победа: 'You won! The enemy pirateShip has sunken.'  вместо 'You won! The enemy ship has sunken.'
• неправилно изчисляване при "Repair": грешна логика + фиксиран health лимит от 100:

  // Грешно
            if (health + pirateShip[repairIndex] <= 100) {
              pirateShip[repairIndex] += health;
            }
  
  // Правилно:
  
            pirateShip[repairIndex] += health;
            if (pirateShip[repairIndex] > maxHealth) {
              pirateShip[repairIndex] = maxHealth;
            }

   

И това не е всичко, защото "поправеното" решение взема само 80/100 в Judge.

Прегледайте си още веднъж кода за пропуски, като за референция давам и едно решение от колега, което фикснах преди няколко дни.