Имя наколко грешки в решението, но основната е, че не ъпдейтвате индекса при четене на командите/стъпките. Вместо използването на индекс може да се използва shift(), с което доста се опростяват нещата.

Друг проблем е, че break-вате while цикъла на ред №14.

Ето примерно решение на задачата (не е мое):

function walking(input) {
  let totalSteps = 0;
  let command = input.shift();

  while (totalSteps < 10000 && command !== 'Going home') {
    let steps = Number(command);
    totalSteps += steps;
    command = input.shift();
  }

  if (command === 'Going home') {
    let finalSteps = Number(input.shift());
    totalSteps += finalSteps;
  }

  if (totalSteps < 10000) {
    let finalResult = 10000 - totalSteps;
    console.log(`${finalResult} more steps to reach goal.`);
  } else {
    console.log('Goal reached! Good job!');
    let finalResult = totalSteps - 10000;
    console.log(`${finalResult} steps over the goal!`);
  }
}