Здравей,

За да има някаква стойност отговора, ще опиша примерни стъпки, с които judge да помогне определянето, коя част от решението е проблемна.

При runtime error можеш да намериш къде е грешката като пускаш решения с прекъсване на програмата постепенно от края към началото, докато грешката в judge не изчезне. Например с 

if (1 == 1)
            {
                return;
            }

Ако грешката е в цикъл, за да не прекъсне при първото завъртане, може да обграждаш отделните части в try catch.

В конкретния случай след първия цикъл с първия метод грешката я има. При прекъсване преди първия цикъл грешката я няма.

След това с втория метод обграждаш различните части от кода, които се изпълняват в цикъла.

Грешката изчезва при сплитването и парсването към int с:

for (int row = 0; row < rows; row++)
            {
                int[] array;
                try
                {
                    array = Console.ReadLine()
                   .Split()
                   .Select(int.Parse)
                   .ToArray();
                }
                catch (Exception ex)
                {
                    return;
                }

                for (int col = 0; col < cols; col++)
                {
                    matrix[row, col] = array[col];
                }
            }

Което означава, че най-вероятно се подават повече празни пространства.

Променянето на split-a оправя и проблема.

Променено: https://pastebin.com/QXyz2mR0