Трябва да сравниш и трите числа едновременно в един и същи if statement, за да си сигурен, че изписваш "yes", само когато и трите са еднакви. Аз точно я предадох така с 100/100 точки:

using System;

class Program
{
    static void Main()
    {
        var num1 = double.Parse(Console.ReadLine());
        var num2 = double.Parse(Console.ReadLine());
        var num3 = double.Parse(Console.ReadLine());

        if (num1 == num2 && num2 == num3)
        {
            Console.WriteLine("yes");
        }
        else
        {
            Console.WriteLine("no");
        }
    }
}

Ако не искаш да използваш едно единствено условие, би могло да бъде нещо такова (повече прилича на твоето решение), но пак трябва да са навързани в един главен if:

if (num1 == num2)
        {
            if (num2 == num3)
            {
                Console.WriteLine("yes");
            }
            else
            {
                Console.WriteLine("no");
            }
        }
        else
        {
            Console.WriteLine("no");
        }