1. http://www.ubuntu.com/download/desktop/upgrade 
Ако пак дава грешка, дай да видим каква е.

2. Ако ъпгрейда ти мине, не виждам причина GRUB  да си сменя настройките, така че boot менюто ще си остане същото. Ако по някаква причина, се зарежда само Linux:
https://help.ubuntu.com/community/Boot-Repair

Има много неща които могат да се объркат и те се объркват от това че хората не четат какво пише и натискат "Yes" бутона.
Но все пак дейстрай смело. Ако има проблеми, ще помагаме.

Общо взето има значение и как си инсталирал Ububtu-то., на отделен пъртишън или на този с уина, как ще го инсталираш:

 през уин https://help.ubuntu.com/community/Wubi

Или с usb - http://www.everydaylinuxuser.com/2014/05/install-ubuntu-1404-alongside-windows.html

Пробвай с ъпгрейда ако не стане и се стигне до преинсталация не се притеснявай,  слагай новата версия, тя ще ти върне GRUB по подразбиране(само че после трябва да си правиш настройките на Linux наново). А с boot-repair можеш да си правиш настройки по boot-а но  внимавай и чети хубаво.

Аз 100 пъти съм си сменявал версиите като съм използвал горните линкове(e чат пат не можеше да бутне, но с инсталирането на Linux се оправя ).

Свали си и linux-secure-13.04 има доста полезни тулчета.

П.С. Ubuntu ми е  на същия дял с windows 7.

!!! Направи си back-up на важните неща и в двете системи и чети три пъти инсталий един !

Единственият правилен вариант за ъпрейд  е  12.10 -> 13.04 -> 13.10 -> 14.04 LTS
Понеже 12.10 не е LTS (long term support)  и можеш да надграждаш само до следваща версия, тоест не можеш да прескачаш.
Не, че няма варианти но упражнения от подобен тип са чиста загуба на време.
Препоръчвам ти да си направиш чиста инсталация с Ubuntu 14.04.3 LTS (ако държиш да е убунту)
Програмки за "boot from usb" последни версии:
rufus-2.4 , unetbootin-windows-613 , Universal-USB-Installer-1.9.6.1 , За повече от една ОС - YUMI-2.0.1.8

Определено не е желателно да инсталираш linux-a на същия дял на който е windows.
Отдели си достатъчно свободно място за нуждите и си направи поне 3 дяла - един swap , един / (root) и един /home (за потребителя)

В края на инсталацията ще те пита дали искаш да ти инсталира GRUB  (това е bootloader-a който ще те пита дали искаш да ти стартира Windows или Linux) При инсталирането си открива само инсталираните ОС . Ако все пак имаш проблем и ти показва само Linux-a, отваряш един терминал  пишеш sudo update-grub и си щастлив :)

Успех! 

Здравей,

През терминала изпълняваш следните команди:

sudo apt-get upgrade

sudo apt-get update

sudo apt-get autoremove - автоматично се изтриват не нужните файлове в система.

От Canonical са го измислили и не е нужно да правиш преисталация на системата. 

Пробвай да ъпгрейднеш до последна версия със следните команди

sudo apt-get update
sudo do-release-upgrade